Pathogens Portal
The Pathogens Portal som drivs av European Molecular Biology Laboratory's European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) och partners lanserades i juli 2023. Portalen är en resurs för forskare, sjukvård och beslutsfattare. Syftet är att att ge tillgång till de senaste och mest omfattande patogendata. Covid-19-pandemin satte fokus på vikten av datadelning och tillgång till relevanta data. Pathogens Portal är en centraliserad plattform för datadelning och datatillgång med fokus på patogendata. Portalens data inkluderar både patogener som påverkar människor och djur, och på vektorer och värdar. Genom att sammanföra data från ett antal källor och länka data bidrar Portalen till en bättre förståelse for patogeners biologi. Pathogens Portal finansieras genom fem olika EU-projekt inom Horizon 2020 och Horizon Europé programmen: RECODID, VEO, EOSC-Life, CONVERGE och BY-COVID. Framöver kommer nationella noder av Pathogens Portal sättas upp. Den svenska noden var första som lanserades i september 2023. En översikt över andra nationella noder finns här.
European COVID-19 Data Platform
Pathogens Portal Sverige lanserades ursprungligen som den svenska dataportalen för COVID-19 är den nationella noden för den europeiska Covid-19 dataplattformen. Den europeiska Covid-19 dataplattformen drivs av European Bioinformatics Institute, som är en del av European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI), tillsammans med EU- kommissionen, EU:s medlemsländer, och med forskningspartners som ELIXIR. En översikt över andra nationella noder finns här.
Den europeiska COVID-19 dataplattformen har som syfte att och stödja datadelning och analys, och att verka för snabbare COVID-19 forskning. Plattformen ger stöd för delning, tillgänglig-görande och analys av Covid-19 relaterade forskningsdata och specifika dataset. Plattformen är synkroniserad med COVID-19-relaterade data och vetenskapligt output som finns i EMBL-EBI’s dataresurser, inkl. ENA, UniProt, PDBe, EMDB, Expression Atlas och Europe PMC. Datamängden växer hela tiden, diversiteten och volymen ökar, och inkluderar idag sekvensdata, strukturer, expressionsdata, molekylära screenings, biokemiska data och vetenskapliga publikationer: https://www.uniprot.org/.
BY-COVID konsortiet
Pathogens Portal Sverige är en av ett flertal partner i BeYond COVID konsortiet BY-COVID. BY-COVID finansieras av EU-kommissionen och inkluderar totalt 53 partnerprojekt från19 länder. Intresseorganisationerna spänner från biomedicinsk vetenskap till sjukvård, folkhälsa, samhällsvetenskap och humaniora. BY-COVID projektets syfte är att göra Covid-19 relaterade data mer lättillgängliga för forskarsamhället, men även för verksamma inom sjukvård och myndigheter.
Framåt är ett annat syfte att tillhandahålla ett ramverk för att göra forskningsdata från infektionsområdet öppna och tillgängliga för alla. Projektet kommer att interagera med redan tillgängliga infrastrukturer som ELIXIR, BBMRI, ECRIN, PHIRI and CESSDA. Målet är att bygga på redan tillgängliga resurser, som COVID-19 dataplattformen och Versatile Emerging infectious disease Observatory project (VEO), för att maximera nyttan. Projektet kommer även att utveckla synergier med European Health Data Space.
Medlemmar i Portalenteamet deltar även i utvecklingen av of the Portal team are involved in Infectious Disease Toolkit ett av de största delprojekten inom BY-COVID projektet.
NBIS och ELIXIR Sverige
NBIS är en distribuerad nationell infrastruktur för bioinformatik med stöd från SciLifeLab, Vetenskapsrådet, alla större svenska universitet, samt Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. NBIS tillhandahåller bioinformatiksupport och infrastruktur till forskare inom livsvetenskaperna, och har ett 90-tal experter över hela landet inom olika områden såsom DNA-, RNA- och proteinanalyser, systembiologi, genomanalyser, masspektrometri-proteomik, metabolomik. NBIS har också experter inom systemutveckling och datahantering. NBIS utgör den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologiska data.
GA4GH
Den svenska dataportalen för COVID-19 & Pandemisk beredskap är en av ett flertal partners till Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) och en del av deras sektion för infektionssjukdomar.
GA4GH är en internationell, ideell organisation fokuserad på att främja ansvarsfull och effektiv delning av genomikdata och olika hälsorelaterade data. GA4GH syftar till att upprätta harmoniserade ramverk och standarder för att främja datainteroperabilitet och samarbete inom genomikforskning och hälsovård. Samtidigt fokuserar alliansen på att skydda människor som delar sin datas rättigheter. GA4GH samlar experter från olika sektorer som akademi, industri och myndigheter, för att anta de etiska, juridiska och tekniska utmaningarna i samband med genomisk datadelning.
Sektionen för infektionssjukdomar utgör en viktig del av GA4GH projektet och spelar en avgörande roll för att överbrygga mellan forskningsfälten patogen- och värdgenomik. Samarbetet samlar internationella grupper med intresse för att standardisera användning av genomikdata och bidra till förbättrad diagnos och behandling av infektionssjukdomar. Inom forskningssamarbetet arbetar medlemmarna för att identifiera hur man kan dela data, arbetsflöden och processer. Detta gör det möjlig för samarbetet att arbeta med komplexa och tidigare obesvarade frågor.Genom dessa gemensamma aktiviteter kan sektionen för infektionssjukdomar bidra till framsteg inom genomforskning, vilket i slutändan kan leda till förbättrad diagnostik och behandlingsmetoder för infektionssjukdomar